Der Verein Museumshafen Emden e.V. ist ein gemeinnütziger Verein, der aus privater Initiative gegründet wurde.
Die Anfänge des Vereins Museumshafen emden e.V. gehen auf das Jahr 1993 zurück. Mehrere Schiffseigner von Traditionsschiffen, die ihre Liegeplätze verstreut im Emder Hafen hatten oder die jährlich im Anschluss an die Sommertörns zum Überwintern nach Emden kamen, waren die Gründer des Vereines.
Ende 1993 trafen sich einige Skipper zur Gründung eines Vereins. Aus dieser Zeit heraus war auch die Tradition geboren worden, dass die Schiffe zur Weihnachtszeit geschmückt mit Lichterketten im Emder Ratsdelft liegen und das während der Emder Matjestage ein Traditionsschiffstreffen im Delft stattfindet.
Der Verein Museumshafen Emden e.V. wird seit Anfang 1998 von dem 1. Vorsitzenden, Jürgen de Buhr aus Emden, geführt.